原文:千人基因組(1000 Genomes)提取群體(population)或者樣本(sample ID)信息

進入鏈接:http: www.internationalgenome.org data portal sample 點擊 filter by population ,在彈出的選擇框里,選擇想要下載的population,比如CHB。然后再點擊 download the list 下載后,保存文件即可。 文件格式如下,第一列為CHB的sample ID,其他是該sample對應的詳細信息 ...

2018-03-14 11:36 0 883 推薦指數:

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千人基因組計划數據庫下載某段區域SNP

下載vcf文件: 方法一:進入ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/,直接下載相應染色體的vcf 方法二:進入http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools ...

Fri Sep 09 01:07:00 CST 2016 6 4331
使用 gffread 提取基因組序列信息

需求:提取 1 號染色體的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 區間的 fa 序列; 需要准備的test.gff3文件如下所示,第一列是染色體號,第二列和第三列的內容隨意,第四列和第五列是提取的開始位置和終止位置,第六列和第八列內容隨意,第七列是基因組的正負 ...

Tue Jan 11 00:03:00 CST 2022 0 1401
hg19基因組 | 功能區域 | 位置提取

如何獲取hg19的CDS、UTR、intergenic、intron等的位置信息? 參考手冊: Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么從gtf文件獲取genome ...

Tue Nov 19 23:39:00 CST 2019 0 512
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
動物基因組與植物基因組基本差異

植物vs動物總結版: 簡述高等植物基因組(可以以擬南芥和水稻基因組為例)與高等動物基因組(可以以人類、果蠅等基因組為例)在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組基因結構上的基本差異主要是生命學的第一困境,即復制-轉錄負載困境。 機制: 1.從平衡流 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
 
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