利用千人基因組數據庫查看SNP在不同地區、國家、洲的頻率及個數


首先,進入千人基因組數據庫的網站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

如下圖所示,在數據庫的框框里輸入我們感興趣的SNP,比如rs608139 

搜索后出現如下界面,黃色區域是我們感興趣的SNP,紅色框框是不同國家和地區在該SNP對應的頻率和個數。

千人基因組數據庫包括的國家和地區如下表所示。

國家

Continent 

Population (Abb)

中國,北京

Asian

CHB

日本,東京

Asian

JPT

中國,南方

Asian

CHS

越南

Asian

KHV

來自英國的印度泰盧固語人

Asian

ITU

孟加拉

Asian

BEB

中國傣族,西雙版納

Asian

CDX

來自英國的斯里蘭卡泰米爾人

Asian

STU

古吉拉特印度人,來自休斯敦,德克薩斯

Asian

GIH

巴基斯坦

Asian

PJL

秘魯

South America

PEL

芬蘭

Europe

FIN

美國洛杉磯人,墨西哥祖先

North America

MXL

猶他州(CEPH),來自歐洲北部和西部的血統

North America ( Europe ancestry)

CEU

托斯卡尼

Europe

TSI

來自英國和蘇格蘭的英國人

Europe

GBR

來自麥德林的哥倫比亞人,哥倫比亞

South America

CLM

在西班牙的伊比利亞人

Europe

IBS

波多黎各

North America

PUR

非洲血統的美國人

North America(African Ancestry)

ASW

非洲加勒比地區

America

ACB

岡比亞人

Africa

GWD

埃桑人,尼日利亞

Africa

ESN

肯尼亞

Africa

LWK

在塞拉利昂(非洲)曼德人

Africa

MSL

約魯巴人,尼日利亞

Africa

YRI


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