測序深度和覆蓋度（Sequencing depth and coverage）
總是跑數據，卻對數據一無所知，這說不過去吧。 看幾篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只講二代） Assembly of large genomes using ...
原文：四種不同的SNP calling算法call低鹼基覆蓋度測序數據時，SNVs數量的比較（Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data）
摘要：如果不設置任何過濾標准的話，SOAPsnp會call出更多的SNVs AtlasSNP 算法比較嚴格，因此call出來的SNVs數量是最少的，GATK 和 SAMtools call出來的數量位於SOAPsnp 和 Atlas SNP 之間 四種calling算法的整體一致性是很低的，尤其在non dbSNPs數據庫中 GATK 和 Atlas SNP 有較高的陽性call率和靈敏性，GAT ...
2018-01-10 15:36 0 1831 推薦指數：
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