SNP的rsid匹配
在處理 Nealelab 中的summary data sets時，發現數據缺失SNP對應rs號：
可以看到數據中只有variant變量，這里提供了解決方案：https://www.biostars.org/p/349284/ ，實踐一下！
Getting Started
首先下載對應的SNP注釋信息
Common SNPs
VCFcommon=ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh38p7/VCF/common_all_20180418.vcf.gz
wget -b -c ${VCFcommon}
All SNPs:
VCFall=ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh38p7/VCF/All_20180418.vcf.gz
wget -b -c ${VCFall}
在R中讀取數據
下載了全部的數據以防萬一，VCF數據讀取（很慢。。。）
讀取數據很慢，讀取中是這樣顯示的：
15G讀不出來，換成common SNPs(1.5G):
成功了,導出txt格式方便使用
install.packages(“vcfR”)
library(vcfR)
vcf <- read.vcfR("common_20180418.vcf.gz")
vcf2 = vcf@fix[,1:3]
fwrite(vcf2,"common_all_20180418.txt",sep = "\t",quote = T,row.names = F,col.names = T)
Day 2
今天匹配的時候出問題了，全都匹配不上，查詢后發現可能是版本號不一致
數據中的RSid用的是hg19 (GRCh37) 而我下載的卻是hg38 (GRCh38)，真坑，重新下載
Common SNPs
VCFcommon=ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606_b151_GRCh37p13/VCF/common_all_20180423.vcf.gz
wget -b -c ${VCFcommon}
可以，成功與summary data匹配上！
在這發現一個新的方法，回頭再試一下：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13166529.html