plink提取指定樣本和指定SNP的數據(keep,extract函數)


一、提取樣本:

提取樣本見命令行:

plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 

 其中,sampleID.txt第一列為提取的樣本Family ID,第二列為Within-family ID(IID)

同樣的,如果是去除樣本,則用參數“--remove”

二、提取SNP位點

plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp   

 

其中,snp.txt的文件格式如下,一個SNP位點一行:

rs1

rs2

rs3

 


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