測序深度和覆蓋度（Sequencing depth and coverage）

總是跑數據，卻對數據一無所知，這說不過去吧。

 

看幾篇文章吧

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只講二代）

Assembly of large genomes using second-generation sequencing（參考文獻）

Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome assembly of small genomes using next generation sequencing data（二代最佳測序深度：50X）

Large Genome Assembly with PacBio Long Reads（已更新）（純三代最少50X，二三代聯合：任意深度，策略不同）

 

回答幾個問題：

不同的測序（denovo組裝、重測序、轉錄組、外顯子、表觀），各對數據的深度和覆蓋度有什么要求？

二代和三代在測序深度和覆蓋度上的要求有什么不同？

 

four major study designs：

1. de novo genome sequencing
2. genome resequencing
3. transcriptome sequencing
4. genomic location analyses (for example, chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP–seq) and chromosome conformation capture (3C))

 

參考資料：

Question: de novo sequence assembly with extremely high coverage

 

待續~