參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/340449764
Base calling是一種算法（軟件）：可以從row images（原始圖像）里通過計算機視覺的方式識別鹼基類型（DNA序列），將結果寫到cal文件里，最后幫助我們生成測序報告和FastQ數據。
Base Flourescence：熒光
signal detection：信號檢測
每一次保存圖像后，算法軟件會找到每一個DNB (DNA納米球) ，並將數據記錄在案。因為每一個芯片上都有數以億計的DNB，所以我們也會通過特殊的結構設計，讓算法軟件可以更容易的找到並識別每一個DNB。
一旦找到並識別出DNB，接下來我們就可以提取圖像光強（灰度值）。這里我們采用的是4熒光系統，也就是ATCG四種鹼基會表現出不同的激發反應，會得到不同的灰度值。這里，我們可以看到在第三張表格里，A對應的圖像位置灰度值最高，所以可以判定此處的鹼基是A。
上圖是一張簡化示意圖，每一個正方形的區域都是一個視野FOV(Field of View)，也就是說每次拍照后，攝像機只能看到這么大的區域，當然通過移動，可以隨后通過多FOV拼接技術，還原整個芯片的大視野。這里，四種熒光物質會被激光激發，如果是A則會產生綠光，如果是C會得到紅光，如果是G會得到藍光，如果是T則會得到黃光。
圖像配准和灰度值提取
首先我們會找到一些標記點（crosspoints），然后對每一個小塊的4幅圖像進行配准（registration），最后對每一個DNB位置上的灰度值進行讀取。理想狀態下，相應顏色鹼基的灰度值最大，其他非相應鹼基的顏色最好為0。然而實際上無法做到。會存在crosstalk現象，也就是其他非相應鹼基的熒光物質也會或多或少地被激發，對實際的測量會造成影響。
