上一章講了meme的安裝，本章進行使用的講解，需要快捷食用本章節的請關注公眾號：生物信息分析學習
meme的使用，網上有很多例子。
1. 網頁版：快捷方便，一台電腦同時可以申請運行四個任務。
先進入網站：http://meme-suite.org/tools/streme
想用什么套件選什么，一目了然。
不懂可以參考手冊：
這是上一章為什么一定想裝streme的原因（因為meme只願意支持50個sequences，雖然多少都能跑，但是好像不太對）。
streme提交的參數如下：
streme --verbosity 1 --oc . --dna --p cLN.bed_3.fa --minw 5 --maxw 30 --pvt 0.05 --dfile description --totallength 1e7 --time 18000
只有minw和maxw是自己設置的，minw=5 因為我的文件最短的sequence是5（其實一般設置6或者8），maxw=30 因為網頁版最大支持30.
命令行版本如下：
meme $1 -dna -oc . -nostatus -time 18000 -mod zoops -nmotifs 1000 -minw 5 -maxw 50 -objfun classic -revcomp -markov_order 0 -evt 0.05 -o $1.meme
其中$1為你的序列文件，注意不要出現ATCGN以外的字符（網頁版的會報錯，命令行的沒有嘗試）。
E-value設置為0.05以內，否則結果也不可信，還浪費時間。
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現在看一下meme和streme的結果：
meme命令行的結果：
streme的網頁版結果：
明顯，meme的結果是異常的，同時我手動搜索過motif序列，meme中只有兩個sites的motif，實際上存在於很多序列中。