名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...
一 bwa比對軟件的使用 對參考基因組構建索引 bwa index a bwtsw hg .fa a 參數:is 默認 or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的 BWT search while the CIGAR string by Smith Waterman alignment. 。 a bwtsw對於短的參考序列是不工作的,必須要大於等於 Mb a is 不適 ...
2019-05-18 13:06 0 2596 推薦指數:
名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...
參考資料: SAMtools(官網) SAM Spec v1.4 (SAM格式 說明書) (重要) samtools-1.3.1 使用手冊 (SAMtools軟件說明書) samtools常用命令詳解(博客園) SAM格式定義(博耘生物) samtools使用 ...
生物信息分析中會用到很多的比對軟件,比較常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比對文件的標准格式是sam格式,但是bowtie比對默認輸出的格式卻不是sam格式,由於bowtie適用於短序列比對,並且看突變鹼基比較方便,因此它的默認輸出格式還是有一定優勢的,下面就來說明一下 ...
在SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔(\t),從左到右分別是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一個合適的標記,各個數字分別代表 1 序列是一對序列中的一個 2 比對結果是一個pair-end比對的末端 ...
BWA算法簡介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安裝: BWA使用步驟: 使用BWA構建參考基因組的index數據庫 BWA-MEM比對(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具體命令 ...
原文鏈接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式說明) 1 The SAM Format Specification sam是一種序列比對后的輸出格式,以tab ...
sam/bam 是一種序列比對格式標准,由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分,注釋 ...
1,SAM文件格式介紹 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比對文件的格式,詳細介紹文檔:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由兩部分組成,頭部區和主體區,都以tab分列 ...