之前的文章:構建NCBI本地BLAST數據庫 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast構建索引 | makeblastdb 本地運行blast時,需要指定out format。 常見的網頁版blast結果可以參照:Blast結果的詳細解析 ...
轉載:http: www.bio .com experiment fenzi .html 標簽:NCBI BlastLASTP 摘要 :NCBI BLAST比對結果報告分析:BLAST是NCBI開發的一款序列相似搜索程,常用在線的BLAST比對工具進行序列比對分析和引物設計。 ncbi blast比對結果報告分析:BLAST是NCBI開發的一款序列相似搜索程,常用在線的BLAST比對工具進行序列比 ...
2017-09-12 11:10 0 2143 推薦指數:
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1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...
1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:設置比對模式,通常情況會有一個默認task,這里要設置為blastn-short -word_size:盡可能小,這里設為7 -evalue:類似於p值的一個指標,越小說明越 ...
Blat Blat,全稱 The BLAST-Like Alignment Tool,可以稱為"類BLAST 比對工具",對於DNA序列,BLAT是用來設計尋找95%及以上相似至少40個鹼基的序列。對於蛋白序列,BLAT是用來設計尋找80%及以上相似至少20個氨基酸的序列。 Blat ...
這是一個嘗試性的文章,能不能解決我要解決的問題,並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,實現將短序列比對上reference基因組,並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站,打開NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...
IO家族類層次體系結構橫向匹配 上一篇文章中主要介紹了JavaIO流家族的整體設計思路,簡單回顧下 基本邏輯涉及數據源 流的方向,以及流的數據形式這三個部分的組合 按照流的數據形式和流的方向,組合而來了四大家族,分別 ...
mysqldiff是mysql官方推薦的庫對比工具,MySQL Utilities中的一個腳本。可以比對兩個庫中缺少的表,相同的表缺少的字段。 1.下載mysqldiff 下載地址:http://downloads.mysql.com/archives/utilities/ 2.下載 ...