本節課程，需要先完成《擴增子分析解讀》系列之前的操作 1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准備 ...

嵌合體序列由來自兩條或者多條模板鏈的序列組成，示意圖如下： 在PCR反應中，在延伸階段，由於不完全延伸，就會導致嵌合體序列的出現，以上圖為例， 在擴增序列X的過程中，在序列延伸階段，只產生了部分X序列延伸階段就結束了，在下一輪的PCR反應中，這部分序列作為序列Y的引物接着延伸，擴增就會形成 ...

本文采用目前最主流的擴增子測序數據類型HiSeq2500 PE250類型數據為例，結合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本課程中所需的測序數據、實驗設計和課程分析生成的中間文件，均可以直去百度雲下載。鏈接：http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密碼 ...

熱圖是使用顏色來展示數值矩陣的圖形。通常還會結合行、列的聚類分析，以表達實驗數據多方面的結果。 熱圖在生物學領域應用廣泛，尤其在高通量測序的結果展示中很流行，如樣品-基因表達，樣品-OTU相對豐度矩陣非常適合采用熱圖呈現。 熱圖優點 ...

火山圖 Volcano plot 在統計學上，火山圖是一種類型的散點圖，被用於在大數據中快速鑒定變化。由於它的形成像火山噴發的樣子，所以被稱為火山圖。和上文講的曼哈頓圖類 ...

工具，使用方便。 詳見“輕松繪制各種Venn圖” 韋恩圖在擴增子中 ...

網絡圖 Network 網絡圖雖然給人高大上的感覺，但是由於信息太多，無法給讀者提供讀有效的可讀信息或是讀者不知道該理解什么，總是讓人望爾卻步。那是因為大家太不了解網絡，自己讀不懂網絡想表達的意思及其重要性。 因此我要舉一個網絡分析重要 ...

本節課程，需要完成 擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並 先看一下擴增子分析的整體流程，從下向上逐層分析 分析前准備 # 進入工作目錄 cd example_PE250 上一節回顧：我們拿到了雙端數據，進行了質控、並對實驗設計 ...