網絡圖 Network
網絡圖雖然給人高大上的感覺，但是由於信息太多，無法給讀者提供讀有效的可讀信息或是讀者不知道該理解什么，總是讓人望爾卻步。那是因為大家太不了解網絡，自己讀不懂網絡想表達的意思及其重要性。
因此我要舉一個網絡分析重要的例子，大家都知道2012年諾貝爾獎得主Yamanaka提出的誘導干細胞的四因子，其時在之前已經有多篇網絡分析文章提出了這四因子，只是Yamanaka是第一實驗驗證的。值得一提的是這篇獲得諾獎的Cell文章只有一個一作和一個通訊，據説是當時這課題沒人看好，也沒人幫助，全是一作自己干的。
網絡繪制工具
以OTU共豐度網絡為例，常用的工具有MENA, LSA, SparCC和 CoNet四種網絡構建方法，可視化的部分常用Cytoscape。詳細的翻譯見文章：微生物相關網絡構建教程中文
http://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/73148650
網絡圖的應用
1、顯示群體內個體間的關系；正/負/無相關
2、顯示群體內間的調控關系，具體可分類幾個高度相關的子網絡/模塊；
3、尋找中心結點物種，用於人工重組微生物組實驗，驗證網絡的結構和功能；
4、顯示不同群體間共有或特有的OTU；
看圖實戰(Result)
示例1. OTU共豐度網絡
這篇文章分析了水稻根不同區域的細菌組成，16S分析文章較系統的作品，兩年被引用147次，推薦閱讀
圖5. 共豐度OTU網絡，展示與甲烷循環相關的OTU模塊
- A. 展示網絡分析中11個與甲烷循環相關的模塊，圖中所有線為Pearson相關系數大於0.6的兩個OTU間的連線；
- B. 單獨展示與產甲烷菌、營養共生、甲烷氧化菌和其它甲烷循環功能高度相關的模塊119，其中與以上四類相關的OTU添加了字母標簽，對圖例對應；
- C. 展示模塊119在不同時間和生態位間的豐度變化
1、圖中元素解釋：以圖A為例說明
圖中每個點代表一個OTU
圖中的連線/邊代表相連的兩個OTU間Pearson相關系數大於0.6，即有明顯的正相關。
圖中點的顏色代表該OTU處於不同的模塊，圖中的圖注標示不同模塊對應的顏色。
2、圖表結果：圖中關注了水稻根細菌組相關網絡中與甲烷相關的模塊；並展示了其中一個模板示例存在多個與甲烷相關的OTU，並發現這類菌在不同生態位和地區的相對豐度存在明顯變化。
3、經驗和技巧：每個模塊一般為相關聯接很緊密的一組OTU形成的子網絡。在同一套數據中，一般會形成數量從大到小的若干子網絡。本圖只關注了正相關的關系，其實還存在許多菌/OTU間負相關的關系
示例2. 網絡圖展示不同海拔區域真菌的共有和特有情況
這篇文章是南土所褚海燕老師組楊騰博士2016年發表在Enviromental microbiology上的文章，主要研究了長白山地區不同海拔分布下樹木葉片內生真菌的分布，研究真菌的推薦閱讀
- 圖4. OTU網絡圖展示不同海拔樣品真菌屬水平的OTU互作。
1. 圖表元素
- 圖中每個點代表一個OTU的真菌屬，一共有242個屬。
- 左側的點表示這些屬只出現在某一特定海拔
- 右側則表示這些屬出現在多個海拔位置。
- 圖中間為不同海位置的類，與對應的各組相連；
2. 圖表結果：圖中展示了不同海拔特有和共有的真菌屬數量。其中有62個屬出現在所有的海拔位置，而且這些屬所占的豐度達到總測序量的98%。
3. 經驗和技巧：此圖為使用QIIME的make_otu_network.py程序分析獲得的點和邊文件結果，雖然叫網絡，個人認為只是Venn圖的變形，還是展示OTU共有和特有的情況，只是圖片感覺更高端大氣。而且分類的組可自由定義。比如右下角的OTU shared 2-5 組，Venn是做不到的。還有圖片的配色，黑底綠線白字是不是很B格滿滿，有駭客帝國的感覺。