原文:如何注釋基因組中的tRNA + 安裝tRNAscan-SE

簡介 tRNA:tRNA是mRNA翻譯到蛋白的步驟中根據密碼子搬運氨基酸的RNA。這個結構的最核心部位就是與密碼子配對的三位鹼基。tRNA長得像一個三葉草,大概 bp,所以除了三位鹼基,識別其二維結構,是為了知道如何折疊成三葉草。 tRNAscan SE用 Perl 整合了tRNAscan EufindRNA 和Cove 個tRNA檢測軟件。首先調用 tRNAscan和EufindRNA鑒定基因組 ...

2017-07-26 21:05 0 1710 推薦指數:

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tRNAscan-SE 預測tRNA基因

tRNAscan-SE 軟件可以根據輸入的基因組序列,預測對應的tRNA基因 在線的tRNAscan-SE的鏈接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下圖所示,只需要輸入fasta 格式的序列,選擇對應的物種類型和其他的一些選項,點擊運行按鈕即可 ...

Thu Jun 29 19:16:00 CST 2017 0 1749
tRNAscan-SE

tRNAscan-SE是一款可以在基因組上掃描tRNA的序列,也就是說你給定一基因序列(fasta數據格式),可以用這個軟件去預測這個序列是不是tRNA.具體的實現原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下運行的。 tRNAscan-SE有兩種 ...

Sun Oct 12 18:09:00 CST 2014 0 2221
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
基因組注釋】GMAP安裝使用問題

homology策略預測基因結構,下載了公共mRNA/CDS序列,考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本,但總是不那么順利。 無論是用conda安裝,還是源碼安裝較新版本,都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時,沒報錯,出現如下: 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...

Fri Apr 16 06:43:00 CST 2021 0 336
基因組注釋】ncRNA注釋

目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
基因組學】maker的安裝注釋

本文默認讀者有一定的生信基礎,沒有基礎的可以閱讀以前的筆記內容。 ============================================================ con ...

Mon Jan 10 03:03:00 CST 2022 10 2842
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
 
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