本篇文章,主要參考了陽光1986的博文(http://www.dxy.cn/bbs/topic/31324367),自己測序的分析結果作為對比,加在其中了。 1.簡介 當二代測序的原始數據拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的質量。常用的工具就是fastqc (http ...
文章轉載於Original Jolvii 生信百科 介紹一下如何理解 FastQC 各模塊的結果 FastQC 的使用 FastQC的安裝介紹請看這里。FastQC 支持 fastq gzip 壓縮的 fastq SAM BAM 等格式,在不指定文件類型的情況下,FastQC 會根據文件的名字來推測文件的類型: 以 .sam 或者 .bam 結尾的文件會被當作 SAM BAM 文件來打開,並統計 ...
2017-07-15 22:05 0 1384 推薦指數:
本篇文章,主要參考了陽光1986的博文(http://www.dxy.cn/bbs/topic/31324367),自己測序的分析結果作為對比,加在其中了。 1.簡介 當二代測序的原始數據拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的質量。常用的工具就是fastqc (http ...
通常我們下機得到的數據是raw reads,但是公司通常會質控一份給我們,所以到很多人手上就是clean data了。我們再次使用fastqc來進行測序數據質量查看以及結果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq ...
橫坐標代表每個每個鹼基的位置,反映了讀長信息,比如測序的讀長為150bp,橫坐標就是1到150; 縱坐標代表鹼基質量值, 圖中的箱線圖代表在每個位置上所有鹼基的質量值分布, 中間的紅線代表的是中位數 用黃色填充的區域的上下兩端分別代表上四分位數和下四分位數; 箱線圖最上方的短線代表90 ...
RNA測序的質量控制 發表評論 3,112 A+ 所屬分類: Transcriptomics 收 藏 ENCODE項目向我們揭示 ...
1、下載fastqc wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip 2、解壓 unzip fastqc ...
基於邊合成邊測序(Sequencing By Synthesis,SBS)技術,Illumina HiSeq2500高通量測序平台對cDNA文庫進行測序,能夠產出大量的高質量Reads,測序平台產出的這些Reads或鹼基稱為原始數據(Raw Data),其大部分鹼基質量打分能達到或超過Q30 ...
FASTQ格式的每第四行表示這條序列的質量值。用ACSII碼表示。 測序儀一般是按照熒光信號來判斷所測序的鹼基是哪一種的,例如紅黃藍綠分別對應ATCG,因此對每個結果的判斷都是一個概率的問題。 Phred Quality Score Probability of incorrect ...
原文:http://www.biostars.org/p/53528/ This tutorial also serves as the supporting information for Lec ...