橫坐標代表每個每個鹼基的位置，反映了讀長信息，比如測序的讀長為150bp,橫坐標就是1到150；
縱坐標代表鹼基質量值，
圖中的箱線圖代表在每個位置上所有鹼基的質量值分布，
中間的紅線代表的是中位數
用黃色填充的區域的上下兩端分別代表上四分位數和下四分位數；
箱線圖最上方的短線代表90%，最下方的短線代表10%
藍色的線代表平均值
背景色從上到在下依次為green, orange, red; 分別代表very good, reasonable, poor;將鹼基質量分成3個不同的標准
當有一個位置的10%四分位數小於10或者中位數小於25時會給出警告；
當有一個位置的10%四分位數小於5或者中位數小於20時會提示失敗；
如下圖所示：
從上面圖中我們可以看出讀長為75bp;前15bp左右測序質量非常好；
隨着測序的進行，由於試劑的消耗等原因，測序質量開始逐漸降低，最后的60-75bp質量就非常的差；