一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
名稱 bwa Burrows Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列比對注意事項 比對精確性 估計插入大小分布 內存需求 速度 Bwa . 中的改變 其他 作者 引用與授權 歷史 摘要 b w a i n d e x r e f . f a b w a m e m r e f . f a r e a d s . f q gt a l ...
2017-07-09 10:52 0 6091 推薦指數:
一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
BWT算法,實質上是前綴樹的一種實現。那么什么是前綴樹呢? 一、前綴樹 對於問題p in S?如果S=rpq,那么p為S前綴rp的一個后綴。 於是,為了判斷p in S 是否成立,我們找到S的所有前綴,然后逐一判斷p是不是它們的后綴。為了加快效率,我們將所有的前綴建成一顆樹,這棵樹便是 ...
BWA算法簡介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安裝: BWA使用步驟: 使用BWA構建參考基因組的index數據庫 BWA-MEM比對(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具體命令 ...
An illustration of relationships between alignment methods. The applications / correspondin ...
今天在使用muscle 軟件進行多序列比對時,發現輸出的結果全部為gap, 而且還沒有明顯的報錯信息 找了很久之后,終於發現了問題 muscle 為了追求速度,對輸入序列的個數和長度進行了限制 下面是官方說明文檔中的原話: 我的輸入序列長度為5k 左右, 最終輸出的結果全部為gap ...
生物信息分析中會用到很多的比對軟件,比較常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比對文件的標准格式是sam格式,但是bowtie比對默認輸出的格式卻不是sam格式,由於bowtie適用於短序列比對,並且看突變鹼基比較方便,因此它的默認輸出格式還是有一定優勢的,下面就來說明一下 ...
建索引 普通比對 二次比對 用於cufflinks和stringtie的比對 待續~ 參考:比對軟件STAR的簡單使用 ...
1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷 ...