原文:DNA比對算法:BWT

BWT算法,實質上是前綴樹的一種實現。那么什么是前綴樹呢 一 前綴樹 對於問題p in S 如果S rpq,那么p為S前綴rp的一個后綴。 於是,為了判斷p in S 是否成立,我們找到S的所有前綴,然后逐一判斷p是不是它們的后綴。為了加快效率,我們將所有的前綴建成一顆樹,這棵樹便是前綴樹。下面,我們舉例說明前綴樹的建立過程和如何使用前綴樹進行模式匹配。 前綴樹的建立 假設S acaacg ,p ...

2017-05-15 19:28 2 5981 推薦指數:

查看詳情

BWA/BWT 比對軟件

名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...

Sun Jul 09 18:52:00 CST 2017 0 6091
利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對

生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
DNA序列局部比對(Smith–Waterman algorithm)

生物信息原理作業第三彈:DNA序列局部比對,利用Smith–Waterman算法,python3.6代碼實現。 實例以及原理均來自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比對 轉載請保留 ...

Fri Dec 01 02:15:00 CST 2017 2 3366
DNA序列組裝(貪婪算法

生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝(貪婪算法) 原理:生物信息學(孫嘯) 大致思想:       1. 找到權值最大的邊;       2. 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊;       3. 除去以最大權值邊為終點為終點的邊;       4. 重復上述步驟,得到所有 ...

Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
BWT (Burrows–Wheeler_transform)數據轉換算法

1.什么是BWT   壓縮技術主要的工作方式就是找到重復的模式,進行緊密的編碼。   BWT(Burrows–Wheeler_transform)將原來的文本轉換為一個相似的文本,轉換后使得相同的字符位置連續或者相鄰,之后可以使用其他技術如:Move-to-front transform ...

Tue Jun 03 23:59:00 CST 2014 1 20687
基於開源算法實現圖片比對進行圖片全圖和局部 比對

需要最新源碼,或技術提問,請加QQ群:538327407 我的各種github 開源項目和代碼:https://github.com/linbin524 一、需求 需要針對藝術品 局部和全圖進行相識度比對,從而識別圖片的真偽。 二、技術思路 通過AI 算法,查找兩張圖片的相似點 ...

Mon Oct 22 20:09:00 CST 2018 0 4153
Global Alignment(全局比對)--從算法(Needleman-Wunsch)到python實現

很早就知道有全局比對和局部比對這兩種比對方法,都是用到的動態規划的思想,知道一些罰分矩陣的概念,但一直都沒有機會搞透徹,一些算法的細節也不太清楚,也沒有親手編程實現。 現在由於項目需求,需要手動寫一個簡單的全局和局部比對的程序,同時得知團隊里有個大牛早就用Perl實現了,看了一下他的代碼也才 ...

Thu Nov 10 20:45:00 CST 2016 0 3709
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM