原文:利用KEGG的API獲取基因對應的pathway 信息

KEGG 官網提供了API, 可以方便的訪問KEGG 數據庫中的內容,鏈接如下: http: www.kegg.jp kegg rest keggapi.html 利用API可以得到某一個基因參與的pathway 信息, 以human 為例 第一步,獲取每條pathway具體的描述信息 對應的API為 : http: rest.kegg.jp list pathway hsa 內容如下: 可以看到 ...

2017-05-12 15:43 0 3127 推薦指數:

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KEGG PATHWAY

KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 數據庫是一個手工畫的代謝通路的集合,包含以下幾方面的分子間相互作用和反應網絡: 1.新陳代謝 2.遺傳信息加工 3.環境信息加工 4.細胞過程 5.生物體系統 6.人類 ...

Mon Mar 16 05:58:00 CST 2020 0 777
基因ID或者基因名,如何拿到對應KEGG通路圖?

1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下圖,篩選出基因所在的通路,並標上不同的顏色。 3、結果頁面如下,有些基因會找不到對應的通路,如下圖紅字,找到通路的會列在下方,點擊可以查看對應通路。 ...

Tue Jun 18 19:49:00 CST 2019 0 2759
KEGG Pathway Anonatation

基因的存在情況。 最簡單的方法是看公司給的KEGG注釋或者直接下載本物種每個基因的注釋結果(比如, ...

Sun Jul 16 23:15:00 CST 2017 0 2419
KEGG pathway注釋過程

KEGG mapper: 輸入:cufdiff生成的差異基因列表(log2fold_change的絕對值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG網站中,利用KEGG mapper工具進行pathway注釋。 過程: 1. ID轉換:將gene symbol轉換 ...

Thu Oct 17 17:30:00 CST 2019 0 477
基因探針富集分析(GSEA)& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能(molecular function)、生物學過程(biological process ...

Thu Aug 07 01:18:00 CST 2014 0 4301
android API版本對應的系統版本及Android獲取手機和系統版本等信息的代碼

學了這么久的Android,竟然一直對其API對應的名稱關系一值搞不清楚,現在網上認真看了下資料,轉載一個覺得寫得不錯的作者的文章,記下來: 【背景】 之前折騰android期間,慢慢地知道了,Android的版本,有個API Level,其實就是對應着某個Android發布版本的名稱 ...

Sat Sep 27 01:35:00 CST 2014 0 6522
 
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