原文:NCBI上查看SNP位點在哪個基因座上(locus)

首先,進入NCBI的主頁網站:https: www.ncbi.nlm.nih.gov variation view 進入后,在下圖紅色框框位置輸入目的SNP,比如rs 輸完后,出現如下結果,箭頭指向的是該SNP當前所在基因座的位置,即p ,由於該SNP在 號染色體上,因為我們也寫為 p ...

2017-04-12 20:37 0 1686 推薦指數:

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批量注釋基因基因座上(map gene to locus)

GWAS研究中經常涉及到基因座locus)的概念,下面簡要介紹一下批量注釋基因基因座的方法。 1、單個基因注釋到基因座 對於單個基因基因座注釋,比較簡單,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 還有NCBI ...

Tue Sep 07 04:54:00 CST 2021 0 111
如何從vcf文件中批量提取一系列基因SNP點?

目錄 需求 示例文件 代碼實現 補充說明 需求 客戶的一個簡單需求: 我有一批功能基因點,想從重測序的群體材料中找到這些點,如何批量快速獲得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現 run.sh ...

Sun Mar 14 07:04:00 CST 2021 0 1430
如何到NCBI提交基因

1 步驟和說明 NCBI官方說明 點此處打開提交基因組頁面 以下例子:純菌的基因組草圖用於新菌鑒定。 1.1 提交基因組數據到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因組數據; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的數據改為 .fsa 后綴,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
如何從NCBI下載基因組數據

本文關於如何在 NCBI 的 FTP 里下載需要的基因組數據。 已知信息 例如:我從文獻里看到作者測了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因組,想從NCBI下載。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...

Fri Nov 24 17:59:00 CST 2017 0 9524
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
 
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