名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...
An illustration of relationships between alignment methods. The applications corresponding computational restrictions shown are green short pairwise alignment detailed edit model yellow database sear ...
2016-12-20 15:29 0 4989 推薦指數:
名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...
今天在使用muscle 軟件進行多序列比對時,發現輸出的結果全部為gap, 而且還沒有明顯的報錯信息 找了很久之后,終於發現了問題 muscle 為了追求速度,對輸入序列的個數和長度進行了限制 下面是官方說明文檔中的原話: 我的輸入序列長度為5k 左右, 最終輸出的結果全部為gap ...
生物信息分析中會用到很多的比對軟件,比較常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比對文件的標准格式是sam格式,但是bowtie比對默認輸出的格式卻不是sam格式,由於bowtie適用於短序列比對,並且看突變鹼基比較方便,因此它的默認輸出格式還是有一定優勢的,下面就來說明一下 ...
建索引 普通比對 二次比對 用於cufflinks和stringtie的比對 待續~ 參考:比對軟件STAR的簡單使用 ...
1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷 ...
參考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...
參考網址:http://blog.sciencenet.cn/blog-759995-990471.html 【感謝原作者】 ...
一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...