原文:系統進化樹-原理介紹及軟件使用

系統進化樹 原理介紹及軟件使用 引自:http: blog.sina.com.cn s blog l ai.html 什么叫系統進化 系統發生分析一般是建立在分子鍾基礎上的。分子鍾:分子序列進化是按照一恆定速率進行的,所以積累突變的數量和進化時間成一定比例,基於這個假說,發生樹上的樹枝長度可以用來估算基因分離的時間。 什么叫系統進化樹 Phyligenetic tree 系統進化樹是對多序列比對 ...

2016-03-25 17:05 0 10338 推薦指數:

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使用 PhyML 構建進化樹

1. PhyML 簡介 使用 PhyML 構建最大似然。參考文獻:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...

Sat Jun 06 01:32:00 CST 2020 0 1574
根據VCF構建進化樹

VCF2Dis,是一款計算根據vcf文件計算距離矩陣的小工具 1 安裝 下載后 2 示例文件進行簡單使用 操作 得到的結果如下所示 3 構建樹 在線構建 上傳距離矩陣到在線網站, FastMe2.0。上傳以后,選擇Data type為Distance ...

Mon Jan 11 04:59:00 CST 2021 0 510
使用RAxML做Maximum likelihood 進化樹

沒有授權禁止轉載 話說ML進化樹如果要進行高bootstrap值的驗證的話對於計算能力要求是很高的。不並行做基本不可能。 所以下了一個RAxML,在linux下有好幾種編譯方式,看了一下手上的機器支持AVX指令集,所以選擇AVX-MPI方式吧。 先安裝openmpi,照網上教程編譯就行 ...

Mon Jan 04 03:32:00 CST 2016 0 4650
構建進化樹——bootstrap tests

bootstrap檢驗是什么? bootstrap檢驗即自舉法檢驗,就是放回式抽樣統計法,通過對數據集多次重復取樣,構建多個進化樹,用來檢查給定的分枝可信度。 自舉檢驗(bootstrapping)介紹 基因是對一組序列進化關系真實模式的一個估計. 說基因是一種估計,是因為在置換數目 ...

Fri May 01 03:29:00 CST 2020 0 825
序列比對和構建進化樹(clustalw和phylip)

安裝clustalw很簡單,不提了。 找了幾個蛋白序列進行比對,命名為dm.fasta 1、輸入 ./clustalw2 進入交互模式     2、選擇1 並輸入文件名字 ...

Mon Dec 17 00:48:00 CST 2018 0 1713
iTOL進化樹調圖細節記錄

目錄 1. 注冊 2. 去枝長 3. 加圖例 4. 無根顏色 5. 導出圖片 iTOL基本用法已經會了,之前記錄過一點: 系統發育(進化繪制小結。最近重用,調圖時又發現了些細節,記錄下備忘。 1. 注冊 不注冊也可用,但注冊登錄可保存 ...

Mon Jul 19 07:56:00 CST 2021 0 451
 
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