HGNC 數據庫-人類基因組數據庫
HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會，負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因， ｎｃＲＮＡ基因，甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的，標准的，可以廣泛傳播的symbol; 數據庫的主頁為 http ...
原文：人類基因組在三大基因數據庫中的不同版本
在數據分析中，經常需要下載物種的參考基因組序列，這時有很多數據庫可以選擇，比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫，或者該物種特有的數據庫， 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種，編號不統一，在這里整理一下它們之間的關系，以人類基因組為例： 在NCBI中，對於不同的拼裝版本，以NCBI Build Number 進行區 ...
2016-02-14 17:49 0 5823 推薦指數：
相關推薦
人類基因組概況--整理
人類基因組概況： 人類基因組由ATCG四種鹼基組成，但是CG的含量低於50%，所以CG含量低於AT含量。 一個基因組的dna大約3ug。 snp： 平均每100到1000個鹼基會出現1個SNPs，不過密度並不 ...
用Annovar注釋非人類基因組，如小鼠mm9
annovar一般只包含人類基因組注釋數據庫，其他的物種如小鼠需要自己進行建立注釋信息。 第一步：下載annovar軟件上Annovar官網下載（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），現在要郵件 ...
抗性基因數據庫CARD介紹
隨着抗生素葯物的發現及使用，越來越多的耐葯菌株由此產生。而耐葯菌株的發展則會增加疾病治療的難度和成本，因此耐葯微生物的研究則顯得尤為重要。目前，通過對耐葯基因的鑒定挖掘能夠一定程度上幫助我們揭開耐葯機制，為疾病的治療、葯物研發提供參考。ARDB是最先整合了各種微生物中抗葯基因的數據庫，但它 ...
FunGene 功能基因數據庫
背景：16SrRNA 基因通常作為分子標記進行微生物群落結構的研究，但是它有一些明顯的限制，比如16S rRNA基因在物種中會有多個拷貝，而且，由於16S rRNA基因的進化速率較慢，在物種間保守，會存在多個物種的基因完全相同的情況，而且由於基因水平轉移的發生，即使親緣關系較遠的物種，也可能出現 ...
基因組數據庫
植物基因組數據庫：1、NCBI中的genome，直接下載NCBI上的基因組文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因組數據庫（包含約30個左右的植物，具體查看:） 30個左右植物基因組對應列表 下載 http ...
人類線粒體基因組簡介
rRNA 基因： 在人類的線粒體基因組中，輕鏈共有9個基因，其中8個基因都是編碼tRNA; 重鏈共有 ...
如何識別自己基因組數據是哪個全基因組參考版本（Genome Reference Versions/ Genome Build）
首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟： 第一步，打開你的基因組數據bim文件（Plink格式），隨便找一個 ...