背景：16SrRNA 基因通常作為分子標記進行微生物群落結構的研究，但是它有一些明顯的限制，比如16S rRNA基因在物種中會有多個拷貝，而且，由於16S rRNA基因的進化速率較慢，在物種間保守，會存在多個物種的基因完全相同的情況，而且由於基因水平轉移的發生，即使親緣關系較遠的物種，也可能出現基因序列完全相同的情況，更進一步講，我們分析時通常只采用16S rRNA基因的某些區域，這導致物種間擴增出來的片段完全相同的概率大大增加；而一些蛋白編碼基因，特別是一些參與重要的信號通路的基因，比如參與氮循環的的基因，這些基因出現水平轉移的概率小，也可以作為分子標記來研究微生物的群落結構。FunGene 是一個免費的數據庫，收錄了許多功能基因的序列，而且提供了一些工具對功能基因進行分析。
網址：
http://fungene.cme.msu.edu/
FunGene 將功能基因進行了分類，共分為下面7類：
以功能基因 nifh 為例，下載數據庫中對應的蛋白質序列
點擊對應的鏈接
跳轉的界面如下：
從上面的截圖可以看到，數據庫中收錄的序列是有重復的，其實FunGene的序列來源於GeneBank 數據庫，而GeneBank 數據庫是有冗余的，所以FunGene 也會有冗余現象，所以在下載完序列之后，需要去冗余
在去冗余的過程中需要注意，uncultured 代表無法單獨培養的一些菌， 比如 uncultured bacterium 代表無法單獨培養的細菌，這個是一類物種的簡稱，不是指同一個物種；
在實際的下載過程中，我發現，FunGene 一次只允許下載10000條序列。
參考資料：
http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2013.00291/full