隨着抗生素葯物的發現及使用,越來越多的耐葯菌株由此產生。而耐葯菌株的發展則會增加疾病治療的難度和成本,因此耐葯微生物的研究則顯得尤為重要。目前,通過對耐葯基因的鑒定挖掘能夠一定程度上幫助我們揭開耐葯機制,為疾病的治療、葯物研發提供參考。ARDB是最先整合了各種微生物中抗葯基因的數據庫,但它 ...
背景: SrRNA 基因通常作為分子標記進行微生物群落結構的研究,但是它有一些明顯的限制,比如 S rRNA基因在物種中會有多個拷貝,而且,由於 S rRNA基因的進化速率較慢,在物種間保守,會存在多個物種的基因完全相同的情況,而且由於基因水平轉移的發生,即使親緣關系較遠的物種,也可能出現基因序列完全相同的情況,更進一步講,我們分析時通常只采用 S rRNA基因的某些區域,這導致物種間擴增出來的片 ...
2017-07-05 10:56 0 2077 推薦指數:
隨着抗生素葯物的發現及使用,越來越多的耐葯菌株由此產生。而耐葯菌株的發展則會增加疾病治療的難度和成本,因此耐葯微生物的研究則顯得尤為重要。目前,通過對耐葯基因的鑒定挖掘能夠一定程度上幫助我們揭開耐葯機制,為疾病的治療、葯物研發提供參考。ARDB是最先整合了各種微生物中抗葯基因的數據庫,但它 ...
在數據分析中,經常需要下載物種的參考基因組序列,這時有很多數據庫可以選擇,比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫,或者該物種特有的數據庫, 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種,編號不統一,在這里整理一下它們之間 ...
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
植物基因組數據庫:1、NCBI中的genome,直接下載NCBI上的基因組文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因組數據庫(包含約30個左右的植物,具體查看:) 30個左右植物基因組對應列表 下載 http ...
RNA-seq 測序可以用於融合基因的發現,在過去的十幾年里,RNA-seq 測序數據不斷增加,發現的融合基因的數據也不斷增加; FusionCancer 是一個人類癌症相關的融合基因的數據庫,利用NCBI SRA數據庫中的RNA-seq 數據,采用tophat-fusion ...
HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會,負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的,標准的,可以廣泛傳播的symbol; 數據庫的主頁為 http ...
進入http://cistrome.org/db/#/數據庫 輸入你感興趣的轉錄因子,比如HDAC1 選擇物種,以及你感興趣的cell type 點擊可以查詢”check a putative target“ 也可以下載全部的”Putative Target ...
前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具,使用的數據是2015年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional ...