原文:GATK

GATK使用簡介 Part GATK 全稱The Genome Analysis Toolkit 是Broad Institute開發的用於二代重測序數據分析的一款軟件,里面包含了很多有用的工具。 網址:http: www.broadinstitute.org gsa wiki index.php Home Page 前段時間剛發布了 .x版本的,最近幾天都在不斷更新,網址也搬遷到 http: w ...

2013-11-09 17:18 0 10053 推薦指數:

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GATK --- wdl 語言

GATK的pipeline使用WDL進行編寫 WDL是一種流程管理語言,內置的支持並行,適合編寫pipeline 運行wdl腳本需要兩步:第一步編輯參數列表對應的json文件,第二步直接運行Cromwell.jar eg 對於一個WDL腳本,有5個核心 ...

Wed Oct 17 01:24:00 CST 2018 0 1485
GATK4注意事項

近期在測試多樣品的WES的過程中發現用HC得到gvcf之后,合並多個樣品的gvcf文件的過程中,使用CombineGVCFs的過程中很慢,發現官網推薦使用GenomicsDBImport 用法如下: ...

Thu Aug 01 22:20:00 CST 2019 0 1176
GATK4.1 call SNP

GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同,更加趨於流程化。 軟件安裝 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 所需數據 : ref.fa reads1.fq ...

Sat Mar 14 00:35:00 CST 2020 5 3102
GATK--數據預處理,質控,檢測變異

版權聲明:本文源自 解螺旋的礦工, 由 XP 整理發表,共 13781 字。 轉載請注明:從零開始完整學習全基因組測序(WGS)數據分析:第4節 構建WGS主流程 | Public Libr ...

Tue Oct 16 23:49:00 CST 2018 0 4124
【轉】GATK使用方法詳解(包含bwa使用)

一、使用GATK前須知事項: (1)對GATK的測試主要使用的是人類全基因組和外顯子組的測序數據,而且全部是基於illumina數據格式,目前還沒有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者實驗設計(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一個應用於前沿科學研究的軟件,不斷在更新 ...

Thu Dec 31 00:45:00 CST 2015 0 4801
 
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