原文:Amber學習第五天:模擬含有非標准殘基的溶劑化蛋白

前面所及的都是標准的殘基,所以我們不用為非標准的殘基創建的單元和提供我們自己的參數。這章我們將介紹一種方法對於非標准的殘基。以含有銅離子的質體藍素蛋白為例。需要作的是: 銅離子由四個氨基酸幫定His , Cys , His 和 Met 。我們將修飾這些氨基酸並提供新鍵類型的參數 應該保留晶體本身的水分子。但是癢的位子應該被指定所以用Xleap來增加丟失的質子。所以在運行模擬前要進行最小化這些位置。 ...

2012-06-27 21:01 6 2301 推薦指數:

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