Python GISAID 病例數據爬蟲

Python GISAID 病例數據下載

介紹

初遇GISAID，要下載里面的數據，可謂是難於登天。

我自制了一份python腳本，運行穩定；效率高；隨機休息，不易被檢測封號，放在了下面的鏈接里，用於下載EpiCoV的病例數據。

下載fastaDNA序列文件請進主頁看我的另一篇文章python GISAID 網站爬蟲：fasta文件下載 - 小魚圓又圓 - 博客園 (cnblogs.com)。

 

關鍵詞： GISAID；下載；病例數據；腳本；python；自動化。

網站

 

爬蟲介紹

 文件地址：

c4-driod/GISAID-spiders: A selenium spider for GISAID (github.com)

解壓后點擊gui.py即可開始運行

 

 爬蟲會自動勾選“w/patient”選項，然后爬取起止日期屬於Submission Date的病例數據：

下面這個界面上的所有信息（包括fasta），儲存到文本文件中。

 

 

 

需要提前安裝的包

win徽標 + R鍵， 輸入cmd，打開DOS窗口，依次輸入下面三行代碼進行安裝。

pip install pillow

pip install selenium

pip install scikit-image

此外，還需要下載符合當前chrome版本的chromedriver

（百度搜"chromedriver"，請自行下載，版本號在谷歌瀏覽器地址欄輸入：“chrome://version”查看）

 

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