Python GISAID 病例数据爬虫

Python GISAID 病例数据下载

介绍

初遇GISAID，要下载里面的数据，可谓是难于登天。

我自制了一份python脚本，运行稳定；效率高；随机休息，不易被检测封号，放在了下面的链接里，用于下载EpiCoV的病例数据。

下载fastaDNA序列文件请进主页看我的另一篇文章python GISAID 网站爬虫：fasta文件下载 - 小鱼圆又圆 - 博客园 (cnblogs.com)。

 

关键词： GISAID；下载；病例数据；脚本；python；自动化。

网站

 

爬虫介绍

 文件地址：

c4-driod/GISAID-spiders: A selenium spider for GISAID (github.com)

解压后点击gui.py即可开始运行

 

 爬虫会自动勾选“w/patient”选项，然后爬取起止日期属于Submission Date的病例数据：

下面这个界面上的所有信息（包括fasta），储存到文本文件中。

 

 

 

需要提前安装的包

win徽标 + R键， 输入cmd，打开DOS窗口，依次输入下面三行代码进行安装。

pip install pillow

pip install selenium

pip install scikit-image

此外，还需要下载符合当前chrome版本的chromedriver

（百度搜"chromedriver"，请自行下载，版本号在谷歌浏览器地址栏输入：“chrome://version”查看）

 

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