一、Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 定義
Independent significant SNPs： P 值小於 5e-8 的 SNP 位點，且 SNP 位點之間的 r2<0.6（注意，這里的 r2 指的是 LD 的 r2 值，不是相關性哦，別誤解了，0.6 也是我設定的，不同文獻給定的 r2 值不一樣，主流設定是 0.6 ）
Lead SNPs： Independent significant SNPs 中 r2 值小於 0.1 的 SNP（同樣的，這里的 0.1 也是我設定的，不同文獻閾值不一樣，主流設定是 0.1 ）
如果文字描述還不清楚的話，請看圖片版的：
在 locus1 中，SNP1, SNP2, SNP3都達到了顯著水平（P< 5e-8），SNP1 和 SNP2 的 r2=0.8, SNP2 和 SNP3 的 r2=0.4, SNP1 和 SNP3 的 r2=0.15。
假定我們設定 Independent significant SNPs 的閾值為：P<5e-8 且 r2<0.6，那么locus1 只有 SNP1 和 SNP3 是 Independent significant SNPs。
假定我們設定 Lead SNPs 的閾值為：r2 < 0.1，那么只有SNP3是Lead SNPs
看明白其中的邏輯了嗎，也就是說，Lead SNPs 的數量一定是小於等於 Independent significant SNPs 的數量，因為 Lead SNPs 是在 Independent significant SNPs 的基礎上進行了二次clump。
以上，就是 Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 的定義。
二、FUMA 鑒定 Independent SNPs 和 Lead SNPs
理解了 Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 的定義后，我們就可以借助工具鑒定 Independent significant SNPs 和 Lead SNPs。
目前挺多工具支持 Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 的識別，比如PLINK。
我來推薦一個比較友好的網頁工具 FUMA(https://fuma.ctglab.nl/snp2gene) 。
進入網址：https://fuma.ctglab.nl/snp2gene 后，
只需要輸入 GWAS summary 文件，就可以得到 Independent significant SNPs 和 Lead SNPs。
步驟一：上傳 GWAS summary文件，把 GWAS summary 文件的表頭信息（比如染色體，位置，rs號等）補充在下圖中
步驟二：設定 Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 的閾值
步驟三：點擊 submit job， 然后就可以等結果了
三、輸出文件
以下是 FUMA 網站給出的 Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 結果：
