1.簡介
Mascot是非常經典的蛋白鑒定軟件，被Frost & Sullivan形容為“質譜數據檢索的黃金標准”，更新維護速度也很快（已發布到2.7版New features in Mascot Server 2.7）。but，它是商業軟件（國內康昱盛代理），收費。雖然有在線版本，但僅支持少量譜圖檢索，只能體驗一下。大規模的蛋白組搜索必須使用它們的服務器。簡述下特點：
- 支持目前主流的三種檢索算法：即2D-PAGE + MALDI的 Peptide Mass Fingerprint (PMF)，LC-MS或復雜MALDI的MS/MS Ion Search，以及Sequence Query功能進行分子量和碎片離子信息聯合搜庫。
- 特有的基於隨機匹配概率的打分方法（另一種是經典的SEQUEST 2次打分算法），支持標准統計顯著性檢驗分析
- 整合FDR閾值選項及Percolator大規模數據檢索質量控制算法
- 可檢索各種類型數據庫，包括序列庫和譜圖庫，也可自定義
- 支持幾乎所有常用的質譜儀輸出的數據格式
- 支持Web瀏覽器，給出概述性和詳細的結果報告
mascot官網包含的東西很多，除了產品，它還提供了training的資料，blog和help文檔，對於蛋白質組學入門者而言，可以多瀏覽了解了解。
2.配置
Mascot服務器蛋白搜庫功能：
2.1在線版本
這里主要介紹串聯質譜檢索方法MS/MS Ions Search。點擊進入Perform search
對主要的參數進行配置，比如數據庫，物種，酶切，漏切，可變修飾，固定修飾，一二級誤差及其單位，肽段價態，上傳文件及格式，是否構建反庫等。以下是一個簡單的配置示例，僅供參考：
2.2 服務器版本
如果mascot部署已部署在本地服務器（如我們廠搭建在了集群上），需要通過服務器端口對酶、修飾、物種數據庫等參數進行配置，然后在Linux環境中運行。mascot配置界面如下：
例如對物種數據庫進行配置Databasea Maintenance
當然，如果你已經建好了庫，下次可以從中選擇繼續用就行。建好庫的標志就是在MASCOT search status page中顯示In use，在Linux中則出現seq.a00， seq.errors ， seq.fasta， seq.i00， seq.s00， seq.stats等文件
mascot服務器在Linux中的搭建和配置是比較復雜的，安裝和配置指南我提供了一個文件供參考：
鏈接: https://pan.baidu.com/s/1IXkPqQ5k-Q-Y0bvvDga6mw
提取碼: 5m1a
3.運行
3.1 在線版本
上傳mgf譜圖文件，點擊start search即可進行在線檢索，但這個檢索支持的譜圖數非常有限，體驗一下即可。
PS：第一次提交不會立即執行，會發送消息到郵件需要你驗證，然后再配置運行。
3.2 服務器版本
Linux服務器版本，配置好數據庫及其他參數后，可調用以下命令：
nph-mascot.exe 1 -commandline -f test.dat < test.asc
得到mascot鑒定結果，並通過mascot提供的解析腳本export_dat.pl，得到進一步的詳細結果：
perl export_dat.pl file=test.dat do_export=1 prot_hit_num=1 prot_acc=1 pep_query=1 pep_rank=1 pep_isbold=1 pep_isunique=1 pep_exp_mz=1 _quant_protein_ratio_type=median _quant_outliers_method=auto _min_precursor_charge=1 _quant_min_num_peptides=2 _quant_unique_pepseq=1 _quant_pep_threshold_type="at least identity" _quant_norm_method=median export_format=CSV _sigthreshold=0.05 _ignoreionsscorebelow=0.05 report=AUTO _server_mudpit_switch=0.000000001 show_same_sets=1 _requireboldred=1 search_master=1 show_header=1 show_decoy=1 show_mods=1 show_params=1 show_format=1 protein_master=1 prot_score=1 prot_desc=1 prot_mass=1 prot_matches=1 prot_cover=1 prot_seq=1 prot_quant=1 peptide_master=1 pep_exp_mr=1 pep_exp_z=1 pep_calc_mr=1 pep_delta=1 pep_start=1 pep_end=1 pep_miss=1 pep_score=1 pep_homol=1 pep_ident=1 pep_expect=1 pep_seq=1 pep_var_mod=1 pep_scan_title=1 pep_quant=1 use_homology=1 > test.csv
4.結果
一般而言，mascot得到的鑒定結果是.dat文件（當然也導出其他格式）。dat源文件比較復雜，常人是看不懂的（截取部分）：
這時就有很多其他軟件來對dat進行解析處理或者可視化。
對於官網提供的在線版本，mascot將結果生成了一份在線報告形式，清晰易懂。我這里就對結果不進行過多解釋，不明白的地方也可查看help。
當然，我們也可以將dat文件導入如iQuant軟件進行標記定量，或者導入PDV等譜圖可視化軟件來進行鑒定結果查看。
Ref：
http://www.cloudscientific.com/plus/view.php?aid=11
https://www.bio-equip.com.cn/show1equip.asp?equipid=439471
蛋白質組學鑒定定量系列軟件總結：
【1】蛋白鑒定軟件之X!Tandem
【2】蛋白鑒定軟件之Comet
【3】蛋白鑒定軟件之Mascot
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus
【5】蛋白質組學鑒定定量軟件之PD
【6】蛋白質組學鑒定定量軟件之MaxQuant