官方文檔： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf
0. 准備
Spectronaut軟件是蛋白組DIA分析最常用的譜圖解析軟件之一，優點是定量准確，缺點是高額收費，window版本，速度慢。一起來簡單了解下用法。
這是它的界面。只要理解了DIA流程，用法其實很簡單，首先構建譜圖庫，或者導入已建好的DDA譜圖庫，再導入DIA原始文件，配置好參數，最后run即可。
一開始需要准備的是各種數據，包括：DIA的rawdata，DDA的rawdata，DDA的database（若有，需加入iRT序列進行校正），DDA的搜庫鑒定結果。如果樣本數多的話，這些原始文件會非常大，剛也提到該軟件只支持windows系統，轉移數據很麻煩，隨便一個項目就能達到500G，所以必須要用很大的內存和硬盤。轉移數據往往要花費很長時間。
1. 譜圖庫構建
首先進入Library，導入譜圖庫。Generate Library from Pulsar...是說用Spectronaut構建譜圖庫；Generate Spectral Library from...是說從別的搜庫軟件構建好的譜圖庫導入，支持常見的搜庫軟件結果文件：
Import/Exprot Spectral Library是導入導出譜圖庫，這里的譜圖庫是說已經在Spectronaut中完成了的庫。
我們通常是自己導入搜庫軟件的結果文件來構建譜圖庫。
若導入MaxQuant構建的譜圖庫：
導入MaxQuant結果，只需指定combined文件夾導入，軟件會自動關聯相對應的原始數據（DDA的rawdata，關聯也需要一段時間），若原始數據與搜庫結果不在同一個文件夾內，可能會導致關聯失敗，可以通過“Assign Shotgun Files”的方式來指定相應的原始數據(見下圖)；關聯后，在FASTA Files一欄選擇相應的數據庫文件（數據庫要右擊上傳，然后點擊左邊倒三角）；點擊”Load”后加載Ion library，導入譜圖庫需要一段時間。
導入成功后，左邊Spectral Libraries會顯示出來。點擊左側spectral libraries的名字，更改為相應的項目編號；右側顯示的為spectral library的詳細信息。
若導入Mascot結果作為譜圖庫：
Mascot的結果通常是dat文件，每一個rawdata對應一個dat。但是Spectronaut要求dat文件名與對應的raw文件同名，即使Assign shotgun files指定rawdata路徑，也會關聯不到，而且要將所有的dat構建一個譜圖庫（這是我們想要的）需要將不同的dat文件整合到同一目錄下，實際上，一個樣本往往多個fraction，同個樣本的多個dat文件一般放在一個目錄中，所以我們要拷貝出來，重命名。如果樣本數多，也是件麻煩的事情。
比如原來每個樣本的6個fraction是這樣的結構：
最后需要在同級目錄下同時存在：
然后導入全部dat文件，會自動關聯對應的rawdata，上傳數據庫，設置參數即可構建譜圖庫了。
常見參數如下，一般默認就好。
另外還有一點，根據上傳的數據庫類型進行解析。主要是要注意fasta序列的ID及其后面的描述信息等，因為不同來源的數據庫，規則會不同。
導入的數據庫格式需要是fasta后綴，fa后綴會識別不了。對於蛋白組來說，大部分數據庫類型都是uniprot（軟件已經給你制定好了，無需定制），若是其他的類型，導入后，根據數據庫制定規則，不會的可以點擊后面的小問號，最后add rule。
import數據庫后，記得打勾選中。
最后點擊右下角的load，即導入譜圖庫，導庫的過程可能需要話一段時間。構建譜圖庫的過程可以在日志文件中查看：
以下是完成后譜圖庫的信息：
2. DIA解析
舊版本可能是切換到“Review”界面，點擊“Load Raw from File”后導入DIA數據。新的版本是Analysis界面，然后點擊set up a DIA analysis from file，將DIA原始數據導入：
然后選擇譜圖庫：
后面的參數默認就好，一步一步點擊next。直到要設置condition實驗設計這一步。需要注意的是圈出來的這幾部分，對照組及重復設置。當然也可以設置好后導入。
設置condition和replicate的參數來判斷是成對還是非成對，原則是：相同的實驗對象Replicate編號一致，不同的實驗對象Replicate編號務必不同。如下：
一直點到最后finish，然后一個數據一個數據的開始提峰。
數據量大的話，提峰很慢，因為要解卷積混合譜圖。可能要默默等上個幾天。
3. 結果導出
提峰完成后，首先是保存工程文件，以sne為后綴。注意是右擊下面這個地方，然后save as：
Spectronaut一旦關閉，完成的結果便會丟失，通過保存工程文件，后續如有重新查看的需求，只需導入工程文件即可，無需重新運行spectronaut。
然后是結果的保存。切換到Report標簽界面。
你的軟件可能沒有配置好的如下導出結果格式，這個主要是為后續定量分析的軟件使用准備，如R包MSstat。
一般只有BGS factory report，這時需要自己設置格式。可以對columns進行選擇，也可以filters過濾一些蛋白。當然你也可以全部選中，導出后再處理。
可以對新建立的格式做保存，下次就可以直接用啦。比如下面我對所有列都做了選中（打勾），再save as，命名，點ok：
最后，export report導出：
對於MSstats R包，需要導出2種格式文件，一是如下：
二是蛋白定量文件，導出並命名為PG_Report.xls：
當然也可以導入或導出制定好的格式，比如我導入：
不過有個小問題，貌似自己制定的和外部導入是由不同的，也就是說這個藍色陰影和打勾效果不一樣，導入的格式和BGS factory report似乎是同一級別的，而上面新建格式只是在BGS factory report的子文件而已。
根據導出的結果看，自己新建的好像不行（這里沒有探究清楚）。
不論如何，我們導出結果。
最后的導出的文件包含如下，包含了工程文件、結果文件、參數及日志等：
重新導出結果
如果需要重新加載提峰的結果，可以在“Analysis”界面（舊版Review界面）選擇“Load a spectronaut Experiment”，選擇相應的sne文件進行加載。
