GWAS分析結果中pvalue/p.ajust為0時如何處理？

在GWAS分析的結果中，偶爾會遇到到pvalue為0的SNP位點，這時如果直接做曼哈頓或QQ圖，會出錯，因為log0無意義。

此時，該如何處理？

如果你用的是Plink1.9來做的GWAS，可加一個參數：
--output-min-p 1e-99，即將小於1e-99的pvalue都當成1e-99，0也不例外。

如果你用的是其他軟件，手動將結果改動。可先用NA填充，再以最小值或更小值替換，如：

  dat[dat==0] <- NA
  dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.rm = T)*0.01

為何會出現pvalue為0的時候？好好想想。。。

https://www.biostars.org/p/145607/