LocusZoom圖幾乎是GWAS文章的必備圖形之一,其主要作用是可以快速可視化GWAS找出來的信號在基因組的具體信息:比如周圍有沒有高度連鎖的位點,高度連鎖的位點是否也顯著。
下面是locuszoom的示例圖:
下面具體講講如何實現Locuszoom的繪制
1、進入Locuszoom的主頁
http://locuszoom.org/
2、進入Locuszoom的主頁后,點擊single plot
3、按如下圖操作
第一步:上傳關聯分析結果的文件,plink格式的話是assoc.logistic或者assoc.linear。注意:這個文件必須是只含SNP位點的GWAS結果,要把協變量的結果去除掉。
第二步:選擇P值所在列的名稱,以Plink格式為例,P值所在列的名稱為P,也可以點擊右方的PLINK data
第三步:同第二步的設置,填寫SNP所在的列的名稱。
4、指定展示的區域,三選一,可以是SNP,也可以是基因,也可以是區域。
5、選擇你所研究的群體的基因組版本(hg18/hg19)
EUR表示歐洲,ASN表示亞洲,AMR表示美洲,AFR表示非洲。
6、最后,點擊Plot data,然后就等着收圖了。