一、什么是多基因風險評分 傳統的GWAS研究只計算單個SNP位點與表型之間的關聯性,再用Bonferroni校正,通過給定的閾值,篩選出顯著的SNP位點。 這樣會存在兩個問題,第一、Bonferroni校正非常嚴格,很多對表型也有貢獻的位點會因為達不到閾值而被過濾掉。第二 ...
LocusZoom圖幾乎是GWAS文章的必備圖形之一,其主要作用是可以快速可視化GWAS找出來的信號在基因組的具體信息:比如周圍有沒有高度連鎖的位點,高度連鎖的位點是否也顯著。 下面是locuszoom的示例圖: 下面具體講講如何實現Locuszoom的繪制 進入Locuszoom的主頁 http: locuszoom.org 進入Locuszoom的主頁后,點擊single plot 按如下圖操 ...
2019-03-25 16:13 7 1943 推薦指數:
一、什么是多基因風險評分 傳統的GWAS研究只計算單個SNP位點與表型之間的關聯性,再用Bonferroni校正,通過給定的閾值,篩選出顯著的SNP位點。 這樣會存在兩個問題,第一、Bonferroni校正非常嚴格,很多對表型也有貢獻的位點會因為達不到閾值而被過濾掉。第二 ...
前段時間有位小可愛問我,為什么她的QQ圖特別飄,如果你不理解怎樣算飄,請看下圖: 理想的QQ圖應該是這樣的: 我當時的第一反應是:1)群體分層造成的;2)表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據的群體分層情況,如果沒有問題就看一下表型分布。 這段時間有空了,我覺得有必要梳理一下這個飄逸 ...
數據預處理(DNA genotyping、Quality control、Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型數據統計分析 ...
一、為什么要做GWAS的條件分析(conditional analysis) 我們做GWAS的時候,經常掃出一堆顯著的信號,假設rs121是我們掃出來與某表型最顯著相關的位點(P=1.351e-36),rs124尾隨其后(6.673e-22),也是與該表型顯著相關,那么這個時候,我們就有問題 ...
1、軟件下載,下載地址:https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases 下載過程: 2、調用測試 ...
。 3、繪制圖表 然后就可以通過 echarts.init 方法初始化一個 echa ...
Matlab 語譜圖(時頻圖)繪制與分析 語譜圖:先將語音信號作傅里葉變換,然后以橫軸為時間,縱軸為頻率,用顏色表示幅值即可繪制出語譜圖。在一幅圖中表示信號的頻率、幅度隨時間的變化,故也稱“時頻圖”。 圖1 數字0-10波形圖 圖2 數字0-10語譜圖 圖3 語譜圖簡單分析 ...
plink進行閾性狀(質量性狀)關聯分析有兩種方法 --assoc 和 --logistic, 這兩種方法又分別有分是否校正: --assoc --adjust 和 --logistic --adjust --logistic方法有可以選擇是否添加協變量: --logistic ...