原文:GWAS后續分析:LocusZoom圖的繪制

LocusZoom圖幾乎是GWAS文章的必備圖形之一,其主要作用是可以快速可視化GWAS找出來的信號在基因組的具體信息:比如周圍有沒有高度連鎖的位點,高度連鎖的位點是否也顯著。 下面是locuszoom的示例圖: 下面具體講講如何實現Locuszoom的繪制 進入Locuszoom的主頁 http: locuszoom.org 進入Locuszoom的主頁后,點擊single plot 按如下圖操 ...

2019-03-25 16:13 7 1943 推薦指數:

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GWAS后續分析:多基因風險評分(Polygenic Risk Score)的計算

一、什么是多基因風險評分 傳統的GWAS研究只計算單個SNP位點與表型之間的關聯性,再用Bonferroni校正,通過給定的閾值,篩選出顯著的SNP位點。 這樣會存在兩個問題,第一、Bonferroni校正非常嚴格,很多對表型也有貢獻的位點會因為達不到閾值而被過濾掉。第二 ...

Thu Apr 11 18:59:00 CST 2019 0 5412
全基因組關聯分析GWAS):為何我的QQ那么飄

前段時間有位小可愛問我,為什么她的QQ特別飄,如果你不理解怎樣算飄,請看下圖: 理想的QQ應該是這樣的: 我當時的第一反應是:1)群體分層造成的;2)表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據的群體分層情況,如果沒有問題就看一下表型分布。 這段時間有空了,我覺得有必要梳理一下這個飄逸 ...

Sun Jun 30 03:54:00 CST 2019 0 1568
GWAS分析基本流程及分析思路

數據預處理(DNA genotyping、Quality control、Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型數據統計分析 ...

Mon Dec 17 18:02:00 CST 2018 7 12425
GWAS條件分析(conditional analysis)

一、為什么要做GWAS的條件分析(conditional analysis) 我們做GWAS的時候,經常掃出一堆顯著的信號,假設rs121是我們掃出來與某表型最顯著相關的位點(P=1.351e-36),rs124尾隨其后(6.673e-22),也是與該表型顯著相關,那么這個時候,我們就有問題 ...

Thu Jan 17 03:20:00 CST 2019 0 1302
利用GEMMA進行GWAS分析

1、軟件下載,下載地址:https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases 下載過程: 2、調用測試 ...

Sun Dec 26 06:50:00 CST 2021 0 1707
Matlab 語譜(時頻)繪制分析

Matlab 語譜(時頻)繪制分析 語譜:先將語音信號作傅里葉變換,然后以橫軸為時間,縱軸為頻率,用顏色表示幅值即可繪制出語譜。在一幅圖中表示信號的頻率、幅度隨時間的變化,故也稱“時頻”。 1 數字0-10波形 2 數字0-10語譜 3 語譜簡單分析 ...

Thu Sep 29 06:29:00 CST 2016 6 38085
plink 閾性狀(質量性狀)GWAS分析

plink進行閾性狀(質量性狀)關聯分析有兩種方法 --assoc 和 --logistic, 這兩種方法又分別有分是否校正: --assoc --adjust 和 --logistic --adjust --logistic方法有可以選擇是否添加協變量: --logistic ...

Sat Dec 18 07:47:00 CST 2021 0 1692
 
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