孟德爾隨機化


(inverse-varianceweighted,IVW)和MR-Egger法。

數據准備:

       SNP列;暴露的beta值;暴露的se值;結局的beta值;結局的se值

  注:

    beta值就是SNP對表型(暴露或者結局)的效應量,se是beta值的標准誤(standarderror);p值可以根據beta和se算出(R語言:pval<-2*pnorm(abs(b/se),lower.tail=FALSE))

    暴露和結局的效應等位基因(effect allele)一致

 

IVW法(逆方差加權法)

  特點:回歸時不考慮截距項的存在並且用結局方差(se的二次方)的倒數作為權重來進行擬合,具體的R語言代碼如下:

  fit <- summary(lm(b_out ~ -1 +b_exp,  weights = 1/se_out^2)) 

  b_out表示結局的beta值,b_exp表示暴露的beta值,se_out就是結局的標准誤,se_out^2就代表結局beta值的方差,而模型中的-1表示的就是去除截距項。lm()函數表示擬合線性模型(linear model),summary()函數是用來匯總回歸模型擬合的結果。

    這次回歸得出來的beta,se和P值就是MR分析的結果。

 

MR-Egger法

  特點:回歸時考慮截距項的存在,使用結局方差(se的二次方)的倒數作為權重來進行擬合,具體的R語言代碼如下:

  fit <- summary(lm(b_out ~ b_exp,  weights = 1/se_out^2)) 

  和IVW的區別在於少了-1,這是因為R函數lm()里默認回歸模型保留截距項。同樣地,這次回歸得出來的beta,se和P值就是MR分析的結果。


  在IVW的假設中,我們認為這些SNP(也稱IV)是沒有多效性的,同時考慮到GWAS的結果多為表型標准化后做出來的,所以我們認為結局和暴露之間是正比例關系。因此,我們在使用IVW方法必須要保證這些SNP沒有多效性,否則結果會有很大的偏倚。

  在MR-Egger的假設中,我們考慮截距項的存在,並用它來評估多效性。如果該截距項和0非常接近,那么MR-Egger回歸模型就和IVW非常接近,但是如果截距項和0相差很大,那就說明這些IV間可能有水平多效性存在。


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作者:將子無怨
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