孟德尔随机化


(inverse-varianceweighted,IVW)和MR-Egger法。

数据准备:

       SNP列;暴露的beta值;暴露的se值;结局的beta值;结局的se值

  注:

    beta值就是SNP对表型(暴露或者结局)的效应量,se是beta值的标准误(standarderror);p值可以根据beta和se算出(R语言:pval<-2*pnorm(abs(b/se),lower.tail=FALSE))

    暴露和结局的效应等位基因(effect allele)一致

 

IVW法(逆方差加权法)

  特点:回归时不考虑截距项的存在并且用结局方差(se的二次方)的倒数作为权重来进行拟合,具体的R语言代码如下:

  fit <- summary(lm(b_out ~ -1 +b_exp,  weights = 1/se_out^2)) 

  b_out表示结局的beta值,b_exp表示暴露的beta值,se_out就是结局的标准误,se_out^2就代表结局beta值的方差,而模型中的-1表示的就是去除截距项。lm()函数表示拟合线性模型(linear model),summary()函数是用来汇总回归模型拟合的结果。

    这次回归得出来的beta,se和P值就是MR分析的结果。

 

MR-Egger法

  特点:回归时考虑截距项的存在,使用结局方差(se的二次方)的倒数作为权重来进行拟合,具体的R语言代码如下:

  fit <- summary(lm(b_out ~ b_exp,  weights = 1/se_out^2)) 

  和IVW的区别在于少了-1,这是因为R函数lm()里默认回归模型保留截距项。同样地,这次回归得出来的beta,se和P值就是MR分析的结果。


  在IVW的假设中,我们认为这些SNP(也称IV)是没有多效性的,同时考虑到GWAS的结果多为表型标准化后做出来的,所以我们认为结局和暴露之间是正比例关系。因此,我们在使用IVW方法必须要保证这些SNP没有多效性,否则结果会有很大的偏倚。

  在MR-Egger的假设中,我们考虑截距项的存在,并用它来评估多效性。如果该截距项和0非常接近,那么MR-Egger回归模型就和IVW非常接近,但是如果截距项和0相差很大,那就说明这些IV间可能有水平多效性存在。


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作者:将子无怨
链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/268053167



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