1.什么是Reads?
高通量測序平台產生的序列就稱為reads。
2.什么是Contig？
拼接軟件基於reads之間的overlap區，拼接獲得的序列稱為Contig（重疊群）。
3.什么是Scaffold？
基因組de novo測序，通過reads拼接獲得Contigs后，往往還需要構建454 Paired-end庫或Illumina Mate-pair庫，以獲得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）兩端的序列。基於這些序列，可以確定一些Contig之間的順序關系，這些先后順序已知的Contigs組成Scaffold。
Contig N50：Reads拼接后會獲得一些不同長度的Contigs.將所有的Contig長度相加,能獲得一個Contig總長度.然后將所有的Contigs按照從長到短進行排序,如獲得Contig 1,Contig 2,contig 3...Contig 25.將Contig按照這個順序依次相加,當相加的長度達到Contig總長度的一半時,最后一個加上的Contig長度即為Contig N50.
舉例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig總長度*1/2時,Contig 4的長度即為Contig N50.ContigN50可以作為基因組拼接的結果好壞的一個判斷標准.
Scaffold N50：Scaffold N50與Contig N50的定義類似.Contigs拼接組裝獲得一些不同長度的Scaffolds.將所有的Scaffold長度相加,能獲得一個Scaffold總長度.然后將所有的Scaffolds按照從長到短進行排序,如獲得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...Scaffold 25.將Scaffold按照這個順序依次相加,當相加的長度達到Scaffold總長度的一半時,最后一個加上的Scaffold長度即為Scaffold N50.
舉例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold總長度*1/2時,Scaffold 5的長度即為Scaffold N50.Scaffold N50可以作為基因組拼接的結果好壞的一個判斷標准.
作者：白羊鐵蛋
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來源：簡書
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