1.什么是Reads?
高通量測序平台產生的序列就稱為reads。
2.什么是Contig？
拼接軟件基於reads之間的overlap區，拼接獲得的序列稱為Contig（重疊群）。
3.什么是Scaffold？
基因組de novo測序，通過reads拼接獲得Contigs后，往往還需要構建454 Paired-end庫或Illumina Mate-pair庫，以獲得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）兩端的序列。基於這些序列，可以確定一些Contig之間的順序關系，這些先后順序已知的Contigs組成Scaffold。
參考來源：