問題
我在用rMATS turbo做可變剪切分析。然而運行程序發現輸出結果文件里只有表頭：
解決方法1
這個問題在軟件github有幾個issues提到過類似問題，如 most output files with only a header
說可能是由參數--readLength設置得和實際的read長度不符導致的。加個參數--variable-read-length即可。
解決方法2
根據測序數據正確設置好-t 參數。單端數據使用 -t paired也是會導致沒結果
其他情況
要是上面那個方法沒解決問題就麻煩了，我是被這折騰了很久了。。又不報錯，但就是沒結果。
我是在CentOS7服務器上安裝的，從github里下載rMATS turbo v4.1.0源碼，進入軟件目錄通過命令build：
./build_rmats --conda
激活rMATS創建的環境使用，
我使用從ENCODE上下的BAM文件（單端測序數據比對的BAM文件），按照軟件文檔給例子進行參數輸入運行后，沒結果。
試了幾個數據，都不行。
然后我試着自己從fastq文件使用bowtie2比對得到BAM文件，然而還是不行。
無語的是，我用實驗室自己比對的BAM文件（雙端測序數據）來測試，tmd居然出結果了！（rMATS支持單雙端數據的）
最后，我試着直接將fastq文件作為輸入，運行rMATS程序，這次成功得出結果！！！
其他
對於使用fastq文件作為rMATS輸入的話，只能以fastq文本格式作為輸入，不能以壓縮格式。默認STAR工作線程數時4，而rMATS並未提供參數設置。
所以需要支持fastq.gz壓縮文件和設置更多的線程數的話，需要編輯rmats.py文件的62行（可能有變動，以實際情況為准），添加修改STAR參數：
不過我更推薦將STAR比對的部分單獨提出來寫個腳本運行。
更新
rmats當前最新版本是4.1.1
能自動識別后綴是不是gz。所以無需添加--readFilesCommand zcat參數了，以及可以設定線程數通過'--nthread' （github最新）