rMATs是一款分析RNA可變剪切事件的軟件，其最大特點是考慮了replicate，還針對配對樣本（在醫學方面很多都是tumor和normal配對）建立了統計模型，如此以來，得到的結果相對來說也更好。具體可參考文獻《rMATS: Robust and flexible detection of differential
alternative splicing from replicate RNA-Seq data 》，軟件的下載和使用參見http://rnaseq-mats.sourceforge.net/index.html
在分析的到最終結果時，雖然軟件官網有對結果的介紹，但看到結果開始一臉懵逼。
現結合自己的理解，記錄下，防止以后又忘了
fromGTF.XX.txt系列：
應該是直接從GTF文件和數據文件讀出的結果
SE：skipped exon
RI：retained intron
MXE:mutually exclusive exons
A5SS:alternative 5' splice site
A3SS:alternative 3' splice site
fromGTF.novelEvents.XX.txt:從數據文件發現的新的可變剪切事件
XX.MATS.JC.txt和XX.MATS.JCEC.txt是JC.raw.input.XX.txt和JCEC.raw.input.XX.txt經過統計模型分析后的結果，多了p值和FDR值
至於xx.txt文件頭文件的含義，在biostar上已經有人回答的非常清楚了
ID GeneID geneSymbol chr strand riExonStart_0base riExonEnd upstreamES upstreamEE downstreamES downstreamEE ID IJC_SAMPLE_1 SJC_SAMPLE_1 IJC_SAMPLE_2 SJC_SAMPLE_2 IncFormLen SkipFormLen PValue FDR IncLevel1 IncLevel2 IncLevelDifference