轉錄組緊緊圍繞基因表達量和功能分析兩部分，結合生物學問題來進行數據分析。
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高表達基因已經研究比較透徹，應該更多關注中低表達基因。
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層次聚類的妙用：
-- 全部基因——>（差異分析）——>根據趨勢挑選部分特異性基因——>功能分析；
-- 功能大類聚類——>根據趨勢挑選部分特異性功能——>功能小類聚類；
-- 通路表達量的計算：該通路全部基因表達量之和除以該通路基因數； -
趨勢分析（cmeans聚類）闡釋不了太多生物學問題，比較適合篩選特異性基因，如標志物篩選。
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功能富集分析不應過多關注顯著P值，功能通路作為一個整體，不應排除差異非顯著的基因作用。
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根據功能來推測生物學過程，需要經驗，如胞外信號呈遞通路發生變化，可能受外界刺激。
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網絡構建不要過多關注高表達或差異基因，更多關注hub基因，驗證也是如此。
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網絡分析和功能分析是分開的兩條路，網絡更多是標志物篩選，不解釋生物學問題；功能作為整體研究來描述生物問題。
來源講座：胡松年，轉錄組數據分析思路