KOBAS的介紹
KOBAS是北大生物信息中心研發的一個網頁工具，用來基因/蛋白功能注釋(注釋模塊)和功能基因集富集(富集模塊)。以下是KOBAS的英文介紹：
KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation (Annotate module) and functional gene set enrichment(Enrichment module). For Annotate module, it accepts gene list as input, including IDs or sequences, and generates annotations for each gene based on multiple databases about pathways, diseases, and Gene Ontology. For Enrichment module, it can accept either gene list or gene expression data as input, and generates enriched gene sets, corresponding name, p-value or a probability of enrichment and enrichment score based on results of multiple methods.
KOBAS的網址為：http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/?t=1，以下為KOBAS的網頁端頁面：
如上圖所示，KOBAS主要分為三個模塊，分別為注釋，基因列表富集，實驗數據富集。KOBAS也可以用命令行方式來分析，可以在download頁面進行下載tarball格式的安裝包，在linux終端用命令行來操作，下面分別以網頁方式和命令行方式來進行KEGG富集分析
1.網頁方式進行KEGG富集分析
如上圖，我們在Gene-list Enrichment這里，我們這里選擇的是Emsembl Gene ID,然后選擇物種Homo sapiens,然后將gene list粘貼過去，下面只勾選KEGG Pathway,點擊Run，這里會生成一個TaskID
一共生成了296條KEGG terms,這里生成的一個很大的表格，然后點擊download,就能得到KEGG的富集分析，下個博客我在寫怎么用命令行模式來進行KEGG富集分析