何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG? 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發 ...
KOBAS的介紹 KOBAS是北大生物信息中心研發的一個網頁工具,用來基因 蛋白功能注釋 注釋模塊 和功能基因集富集 富集模塊 。以下是KOBAS的英文介紹: KOBAS . is a web server for gene protein functional annotation Annotate module and functional gene set enrichment Enrich ...
2020-01-04 13:32 0 5837 推薦指數:
何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG? 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發 ...
輸入數據格式 輸出圖片 ...
柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖(氣泡圖) ...
前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具,使用的數據是2015年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional ...
基因 load("gene_all_up_down.Rdata") #對上調基因進行kegg富集分析 ...
這個包依賴極有可能是這個:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂會很好理解 由於KEGG數據庫分享數據的策略改變,因此KEGG.db包不在能用,推薦KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG ...
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了,網紅教授宣傳得很成功,功能也比較強大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法,以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里? GO的注釋信息 ...
使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GO和KEGG的富集分析 ...