用R的dgCMatrix包來構建稀疏矩陣 | sparse matrix by dgCMatrix

 

sparse matrix是用來存儲大型稀疏矩陣用得，單細胞表達數據基本都用這個格式來存儲，因為單細胞很大部分都是0，用普通文本矩陣存儲太占空間。

使用也是相當簡單：

library("Matrix")
readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1)
readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix")
# str(M1)

　　

 想轉回去，as.matrix() 就可以了。

 

參考：

Coercion of matrix to sparse matrix (dgCMatrix) and maintaining dimnames.