用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix

 

sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得，单细胞表达数据基本都用这个格式来存储，因为单细胞很大部分都是0，用普通文本矩阵存储太占空间。

使用也是相当简单：

library("Matrix")
readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1)
readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix")
# str(M1)

　　

 想转回去，as.matrix() 就可以了。

 

参考：

Coercion of matrix to sparse matrix (dgCMatrix) and maintaining dimnames.