plink格式文件轉化為vcf文件(VCF versions convert)


plink1.9版本支持轉化為VCFv4.2格式

plink2.0版本支持轉化為VCFv4.3格式

兩個版本用到的命令不一樣

對於plink1.9版本,轉化為vcf文件的命令行為:

plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf

生成的vcf為4.2版本

對於plink2.0版本,轉化為vcf文件的命令行為:

plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf

生成的vcf為4.3版本

 

參考鏈接:

http://www.cog-genomics.org/plink/2.0/formats#vcf

http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#vcf


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