plink1.9版本支持轉化為VCFv4.2格式
plink2.0版本支持轉化為VCFv4.3格式
兩個版本用到的命令不一樣
對於plink1.9版本,轉化為vcf文件的命令行為:
plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf
生成的vcf為4.2版本
對於plink2.0版本,轉化為vcf文件的命令行為:
plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf
生成的vcf為4.3版本
參考鏈接:
http://www.cog-genomics.org/plink/2.0/formats#vcf
http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#vcf