計算等位基因頻率有兩種方式，第一種用vcftool計算：
/path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq
很簡單的一個命令行，file.vcf指的是你要輸入的vcf文件，--freq表示計算等位基因頻率，--chr后面的1表示你要計算的區域在1號染色體，當然，你也可以選擇你想計算的染色體區域，filefreq指的是輸出的文件名。
結果如下圖所示：
第二種用plink計算：
/path/to/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --freq --out filefrquency
效果如下圖所示：
.frq (basic allele frequency report)
Produced by --freq. Valid input for --read-freq.
A text file with a header line, and then one line per variant with the following six fields:
| CHR |
Chromosome code |
| SNP |
Variant identifier |
| A1 |
Allele 1 (usually minor) |
| A2 |
Allele 2 (usually major) |
| MAF |
Allele 1 frequency |
| NCHROBS |
Number of allele observations |