一、Linux服務器安裝canu
1. 下載canu（版本canu-1.4）
首先打開Canu安裝包下載網頁：https://github.com/marbl/canu/releases
下載Source code並上傳到服務器上：
2. 解壓文件、編譯
按照一下安裝步驟安裝即可：
3. 設置環境變量
安裝完成后，添加環境變量:
$ vi ~/.bash_profile
export PATH=/public1/your-directory/canu-1.4/Linux-amd64/bin:$PATH
$ source ~/.bash_profile
二、安裝GNUPLOT
確保你服務器有安裝 GNUPLOT和1.8版本以上的JAVA
如何安裝GNUPLOT？
1. 下載gnuplot（版本5.0.5）
進入下載頁面：https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/5.0.5/
2. 解壓文件、配置安裝路徑、編譯
$ tar -zxvf gnuplot-5.0.5.tar.gz
$ ./configure --prefix=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
$ make
$ make install
3. 配置環境變量、編譯
$ vi ~/.bash_profile
export GNUPLOT=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
export PATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/bin:$PATH
export MANPATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/share/man/man1:$MANPATH
$ source ~/.bash_profile
三、Canu的簡單使用
1. 設置spec文件
$ vi spec.txt
useGrid=1
gridOptions=-S /bin/bash -q all.q -l mem_free=60g
gridEngineThreadsOption=-pe mpi THREADS
gridEngineMemoryOption=-l mem_total=MEMORY
corOutCoverage=80
ovbMemory=8g
maxMemory=500g
maxThreads=48
ovsMemory=8-500g
ovsThreads=4
oeaThreads=4
2. 運行
$ canu -s spec.txt -p ecoli -d ecoli-auto genomeSize=4.8m -pacbio-raw p6.25x.fastq