本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization ...
一 Linux服務器安裝canu . 下載canu 版本canu . 首先打開Canu安裝包下載網頁:https: github.com marbl canu releases 下載Source code並上傳到服務器上: . 解壓文件 編譯 按照一下安裝步驟安裝即可: . 設置環境變量 安裝完成后,添加環境變量: vi .bash profile export PATH public your ...
2017-01-13 10:51 0 4515 推薦指數:
本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization ...
在日常的科研中我們時不時的會聽到小伙伴們在討論那些關於測序的東西,什么高通量測序,二代測序,Sanger測序等等。今天我們就用最簡單的言語來講解一下這三種測序技術。 一代測序技術,也被稱為Sanger測序,其實是由一個叫Sanger的人發明的一種測序方式。其利用了雙脫氧核苷酸會終止PCR的原理 ...
三代測序 6.1 三代測序就是指單分子測序。 對於三代測序,存在多種定義。我們采用其中最簡單易懂的那種。此種定義之下的三代測序技術,原本三足鼎立,不幸最早出現的Helicos早早謝幕,后來雖有科學家出大力進行挽救,也沒有搶救成功,以致如今剩下Nanopore和PacBio雙雄並峙。 三代 ...
,可多種幾款流程比較。 實際上SV結果中會包含CNV,但往往會把CNV單獨拿出來分析。 ...
三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...
說明 Lefse軟件是宏組學物種研究常用軟件,一般大家用在線版本即可。但要搭建在Linux集群環境中有點煩,記錄一下折騰過程。 安裝 這個軟件是python2寫的,因此假設我已經安裝好了較高版本的python2以及pip等工具,在此基礎上來安裝lefse。 lefse下載地址:https ...
WGS(Whole Genome Sequencing) 指將物種細胞里面完整的基因組序列全部DNA,檢測並排列,此技術幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變。 對於人類來說,全基因組測序的價值是極大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之間的內在關聯性,當然也意味着更大的數據解讀 ...
第三代測序技術是指單分子測序技術,在測序過程中不需要涉及PCR擴增,實現了對每一條DNA分子的單獨測序。三代測序技術具有超長讀長,還擁有不需要模板擴增、運行時間較短、直接檢測表觀修飾位點、較高的隨機測序錯誤等特點。它彌補了第二代測序讀長短、受GC含量影響大等局限性,已在小型基因組從頭測序和組裝中有 ...