說明
Lefse軟件是宏組學物種研究常用軟件，一般大家用在線版本即可。但要搭建在Linux集群環境中有點煩，記錄一下折騰過程。
安裝
這個軟件是python2寫的，因此假設我已經安裝好了較高版本的python2以及pip等工具，在此基礎上來安裝lefse。
lefse下載地址：https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/。這個網站有豐富的學習內容和教程，包括MetaPhIAn等流程，有時間去好好看看。
lefse放在了bitbucket上，克隆一下到集群：
hg clone https://bitbucket.org/nsegata/lefse
完成后有如下文件：
目錄下有個requirement.txt文件，里面列出了R和Python需要安裝的包和模塊：
- R
- R libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
- python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher), numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher), argparse
安裝R包的過程基本上沒啥問題，大部分還是我已經安裝過的。python的大部分模塊也沒問題，難就難在了rpy2。
首先，我直接用自己安裝的python2使用pip安裝：
pip intall rpy2
直接報語法錯誤，如下：
在網上找了一圈也沒有碰到同類型的問題，在這里卡了很久，分析腳本貌似也沒問題，而且如果這個都語法錯誤，作者去吃屎吧。后來我才知道這尼瑪pip自動安裝第三版了，而第三版只支持python3，不再支持python2。
那就直接下載模塊安裝吧。自然地下了個較新的版本，解壓后安裝：
python setup.py install
直接報錯，說是版本太高了，rpy的第三版已經不支持python2啦，blabla。。。我看它這里rpy2版本也有較高要求，於是下載了個2.9版本的(各舊版本
)，結果還是太高，你特么不是python2寫的嗎！不支持python2。試了幾次，干脆了個2016年發行的，這次終於可以了。
但是肯定沒有這么簡單，安裝過程又報錯了：
下載不了這個玩意：Download error on https://pypi.python.org/simple/singledispatch/。網上有些答案亂七八糟，后來找到了一個能解決問題的，直接下載singledispatch
安裝即可。
下載解壓進入目錄。
python setup.py install
成功安裝singledispatch后，再次安裝rpy2，這次沒報錯了。進入lefse目錄試運行一下：
應該是可以了。
再進去example中運行下測試shell，但是這個demo是針對bioconda使用的，如果沒用conda，測試不了。對於這個軟件我真是服氣的。
總之，lefse軟件算是安裝成功了吧，至於測試，后續我再試試。
第二次更新：
接着來測試上次安裝好的Lefse軟件，這個軟件有現成的python腳本進行數據處理和繪圖，怎么用的話，在下載后example中和官方文檔中都有說明，這里不作說明了。簡言之，就是先處理，整理好數據格式，進行繪圖。
試着用自己的數據處理了下。
python format_input.py test.txt result.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000
python run_lefse.py result.in result.res
python plot_res.py result.res result.png
.......
文件結果沒有問題，繪圖及其后續步驟報錯了：
我懷疑是自己處理的數據格式有問題，於是下載了官網的測試數據：
wget http://huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129 -O hmp_aerobiosis_small.txt
還是同樣的問題，數據處理正常，繪圖錯誤。網上查了下，沒有直接相關的問題，但大致猜到是matplotlib的問題。
我的系統除了我裝的python外，還有其他好幾個python版本的庫，我當時只將其他版本的python都注釋了，然后將自己安裝的python及其庫路徑加入了環境變量，但沒有注釋掉其他python版本的庫。所以，我自己的python其實是沒有安裝matplotlib的，用的是其他版本的。
將其他版本python的庫注釋后，用自己的python重新安裝matplotlib（一定要注釋掉其他的庫，否則會提示已安裝，是裝不上matplotlib的）。
這時，再運行lefse時，沒報錯，所有結果都出來了！
看來當系統有多個版本時，用conda確實是有優勢的，避免版本沖突。
Ref:https://blog.csdn.net/chenKFKevin/article/details/77854232
http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-997026.html
https://www.jianshu.com/p/b4dbd47aaeb6